Sepsis : identifier le germe et coder le choc septique
Ce contenu est un support pédagogique destiné aux professionnels du codage médical (TIM, DIM). Il ne constitue pas un avis médical et ne remplace pas le jugement clinique du professionnel de santé en charge du patient.
Un dossier mentionne un « sepsis » ou une « infection sévère ». Le réflexe est souvent de coder A41.9 (sepsis, sans précision) — alors que le germe est presque toujours identifié quelque part dans le dossier (hémoculture, antibiogramme), et que l'omettre fait perdre un niveau de sévérité CMA.
Sepsis, choc septique : ce que les mots recouvrent
Le sepsis désigne une infection accompagnée d'une réponse de l'organisme qui déborde et retentit sur le fonctionnement d'un ou plusieurs organes (rein, foie, coagulation, conscience...) — ce n'est pas simplement une infection qui se propage dans le sang. Le choc septique en est la forme la plus grave : une chute de tension qui ne se corrige pas avec le remplissage vasculaire seul et qui nécessite des médicaments pour maintenir la pression artérielle (vasopresseurs).
Ces notions ne se codent pas de la même façon :
- Sepsis, avec ou sans défaillance d'organe documentée : le code du germe (A40.–/A41.–) suffit. La défaillance d'organe fait partie de la définition même du sepsis — elle ne se code pas en plus.
- Choc septique : le code du germe + R57.2 (choc septique) en complément.
R57.2 s'ajoute au code du germe, il ne le remplace pas — la CIM-10 n'a pas de code combiné « choc septique à tel germe ».
Coder le germe plutôt que « sans précision »
Le sepsis se code sur 14 codes précis, répartis en deux blocs : A40.0 à A40.9 (sepsis à streptocoques) et A41.0 à A41.9 (sepsis à d'autres germes).
| Germe | Code | CMA MCO |
|---|---|---|
| Streptocoque groupe A | A40.0 | 4 |
| Streptocoque groupe B | A40.1 | 4 |
| Streptocoque groupe D / entérocoque | A40.2 | 4 |
| Streptococcus pneumoniae | A40.3 | 4 |
| Autre streptocoque précisé | A40.8 | 4 |
| Streptocoque, sans précision | A40.9 | 4 |
| Staphylocoque doré | A41.0 | 4 |
| Autre staphylocoque précisé | A41.1 | 4 |
| Staphylocoque non précisé | A41.2 | 4 |
| Haemophilus influenzae | A41.3 | 3 |
| Microorganismes anaérobies | A41.4 | 4 |
| Autres germes Gram négatif | A41.5 | 4 |
| Autre sepsis précisé | A41.8 | 4 |
| Sepsis, sans précision | A41.9 | 3 |
À une exception près (Haemophilus influenzae, CMA 3), préciser le germe fait systématiquement passer le CMA de 3 à 4. Avant de coder A41.9, vérifier dans le dossier : compte-rendu de bactériologie, hémocultures, antibiogramme — le germe y est presque toujours mentionné, même quand la lettre de synthèse ne parle que de « sepsis ».
R65.0 et R65.1 : une question de contexte, pas de gravité
Contrairement à ce qu'on pourrait penser, R65.0 et R65.1 ne se choisissent pas selon la présence ou non d'une défaillance d'organe, mais selon le contexte :
- R65.1 (syndrome de réponse inflammatoire systémique d'origine infectieuse, avec défaillance d'organe) ne doit jamais être codé en présence d'un sepsis — ni pour un sepsis simple, ni a fortiori pour un choc septique. La défaillance d'organe est déjà portée par le code du germe (et par R57.2 pour le choc) ; R65.1 ferait doublon.
- R65.0 (sans défaillance d'organe, CMA 2) reste utilisable, mais uniquement en dehors d'un contexte de sepsis — pour apporter une information de sévérité sur une autre infection qui ne remplit pas les critères du sepsis. Exemple donné par le guide méthodologique : une infection urinaire basse avec syndrome inflammatoire systémique, sans défaillance d'organe.
Cette règle s'applique depuis le 1ᵉʳ mars 2021. Avant cette date, R65.1 pouvait être ajouté en complément d'un sepsis — ce qui explique pourquoi ce réflexe persiste encore dans certaines pratiques. Le code R65.1 n'a pas été supprimé de la CIM-10 : il figure toujours dans la nomenclature. C'est son usage en complément d'un sepsis qui est proscrit, quelle que soit la position (DP, DR ou DAS) — une règle de codage, pas une suppression du code.
En résumé : dès qu'un sepsis est posé, R65.0 et R65.1 sortent tous les deux du champ des possibles pour ce diagnostic — seuls le code du germe, et R57.2 en cas de choc, s'appliquent.
Cet écart se retrouve dans le CMA : R65.0, hors contexte de sepsis, est en CMA 2 — nettement en dessous des codes de sepsis proprement dits (CMA 3 pour A41.9/A41.3, CMA 4 pour un germe précisé). Logique : R65.0 ne décrit qu'une réponse inflammatoire sans défaillance d'organe, quand le sepsis en implique une par définition. L'écart de CMA illustre concrètement l'écart de sévérité entre les deux tableaux.
L'essentiel à retenir
Face à un « sepsis » au dossier : chercher le germe (bactériologie, antibiogramme) avant de se rabattre sur A41.9, et ajouter R57.2 en complément si le tableau est un choc septique. R65.1 ne se code jamais en présence d'un sepsis — défaillance d'organe ou pas. R65.0 reste réservé à d'autres infections que le sepsis, quand il apporte une information de sévérité en plus.